百年木棉開花是「清金門鎮總兵署」每年3-4月間的盛事之一，在總兵署外就能看到火紅的花朵，每到開花時節都會吸引無數遊客駐足觀賞，隨著木棉花朵掉落果實開始生長，成熟的果實開裂會有大量棉絮四處飄散，最遠能飄到400-500公尺之外。百年老樹開花量大，結果量也驚人，木棉棉絮的飄散易造成民眾呼吸道的過敏反應，四周環境也因棉絮造成髒亂，往年周邊的住宅在五到七月間，經常要緊閉門窗，避免棉絮影響。
林務所於110年度對木棉樹冠進行調整，今年度開花量略少於以往，但數量仍是驚人，結果量依然非常的多，為避免棉絮漫天飛舞的情形，林務所訂在111年5月5-8日期間，由台灣樹木保育股份有限公司帶來專業的攀樹師團隊，協助本所進行一年一度的木棉樹蒴果摘除作業及例行健檢。
林務所特別提醒，木棉樹摘除蒴果進行時，總兵署內通往木棉觀景平台的出入口將封閉，也請周邊居民通過時注意落果，造成不便，敬請見諒。